2008 年 3 月 11 日から 5 年間の予定で第２フェーズが開始されています。本フェーズで達成すべき成果は以下のとおり設定されています。
• メンバー大学の教育・研究能力の向上（ Capacity Enhancement of Member Institutions ）：
特に CLMV 諸国（カンボジア、ラオス、ミャンマー、ベトナム）のメンバー大学につき、教官の資格向上と大学院プログラムの強化を通じ、各国の工学教育 / 研究の Center of Excellence (COE) を確立（依然大きい教官資格向上にかかるニーズへの対応）
• 産業界・コミュニティーに裨益する共同研究（ Collaborative Research for Industry and Community ）
ASEAN の地域・産業界が共通に抱える課題（防災、環境、エネルギー、天然材料、など）に対処する研究活動を実施（第１フェーズで形成された域内の「知」のネットワークの活用）
• 工学系ネットワークの強化（ Engineering Network Strengthening ）
域内学会設立、共同研究実施などにより、産業界、コミュニティ、メンバー以外の国内大学をも含めたネットワークに強化・発展（ネットワークの組織的基盤の強化）
• ASEAN-Japan Graduate School Consortium of Engineering の設立に向けて
メンバー大学間の人材・資源の共有をさらに促進することで、 ”ASEAN-Japan Graduate School Consortium of Engineering” を設立し、 ASEAN が連帯し、自立的に運営できる仕組みを構築（第１フェーズで形成された ”Consortium of Graduate Schools of Engineering” を強化･発展）
これら成果を達成するために、以下のようなプログラムが実施されています。
