1997年のアジア通貨財政危機を機に、アセアンの長期的な持続的発展には産業界を活性化する人材の養成が重要であるとの観点から、1997年の日−アセアン非公式首脳会議で当時の橋本龍太郎首相により「日。アセアン総合人材育成プログラム」において高等教育分野での専門的な人材の育成支援が提唱されました。

その後1999年のアセアン・プラス3会議で、小渕恵三首相（当時）の唱えた高等工学教育分野の人材養成への支援計画、いわゆる「小渕プラン」へと発展しました

さらに協議を重ねた結果、2001年4月にバンコクにおいて各国高等教育担当の副大臣級高官や参加大学の学長等が出席して開催された設立総会において、高等工学教育分野の人材養成案件として、各国を代表する１９大学と、11の日本の支援大学の支援協力の下に、「アセアン工学系高等教育開発ネットワーク(Southeast Asia Engineering Education Development Network 略称 AUN/SEED-Net)」が形成されました。

2001年から2年間の準備期間においては、研究支援プログラム、修士号取得域内留学プログラムをはじめとする活動を各国・メンバー大学にて開始しました。その一方で、活動計画策定ワークショップ（タイ）、年2回の運営委員会などを開催するとともに、メンバー大学内および本邦国内支援大学内での調整や、主たるメンバー大学への調査団の派遣や本邦にて開催した分野別支援体制構築ワークショップなどを通じて、新たな活動体制としての分野別支援体制の構築を行いました。具体的には、分野（例：化学工学、機械工学）の区分ごとに、活動の中心になるメンバー大学（ホスト大学）と本邦国内支援大学を決定し、両者の強力な連携を柱に、他のメンバー大学が参画する形態が分野ごとに形成され、具体的な活動はこの枠組みの中で展開されることになりました。

その後2003年3月11日、タイ政府とJICAの間で、R/D（合意議事録：JICAが技術協力を始めるにあたって、相手国の担当機関と合意した内容をまとめ、双方が署名した文書）を締結し、5年間の技術協力プロジェクトが本格的に開始されました。

また2005年11月、12月には中間評価が、2007年5月には終了時評価が実施され、その結果プロジェクトの成果として以下が確認されています。

1. 域内に、大学院修士・博士課程の国際プログラムを擁する”Consortium of Graduate Schools of Engineering”　（域内のトップ大学の集合体）が確立されつつあります。（地域社会の抱える問題を自ら解決する人材を育成することで自立を志向）

2. 域内・日本での高位学位取得を通じたメンバー大学の若手教官が育成されています。（期間中に修士約310、博士約140人の学位取得。親日家育成にも寄与）

3. 教官の域内留学、共同研究やセミナー参加を通じ、工学分野のアカデミック・ネットワークが形成されました。（これまでASEAN内の「横の繋がり」は皆無。域内連携の有効性を自らが再確認）